A administração dos Seminários é exercida por meio das seguintes instâncias: Junta de Educação Teológica (JET); Junta Regional de Educação Teológica (JURET); Diretor e Congregação.

A JET, estabelecida pelo SC/IPB, superintende a obra de educação teológica da Igreja, nos termos do seu Regimento Interno.

A JURET é o órgão encarregado de superintender a administração do(s) Seminário(s) de uma determinada região geográfica, subordinado à JET, conforme aprovação do Supremo Concílio. A JURET é constituída de 5 membros titulares e seus suplentes, sendo 3 pastores e 2 presbíteros, eleitos pelo SC, ou por sua CE, observando a representação de cada Sínodo da Região, não podendo ter mais de um representante por Sínodo como titular.

Atualmente, a JURET-JMC é formada pelos seguintes membros:

Presidente: Rev. Daniel Fogaça
Vice-Presidente:  Rev. Guilherme Rafael Rios Alcântara
Secretário: Pb. Dante Venturini de Barros
Membro: Pb. José André
Membro: Rev. Milton Ribeiro