A administração dos Seminários é exercida por meio das seguintes instâncias: Junta de Educação Teológica (JET); Junta Regional de Educação Teológica (JURET); Diretor e Congregação.

A JET, estabelecida pelo SC/IPB, superintende a obra de educação teológica da Igreja, nos termos do seu Regimento Interno.

As JURETs são os órgãos encarregados de superintender a administração dos Seminários de uma determinada região geográfica, subordinada à JET, conforme aprovação do Supremo Concílio. A JURET é constituída de 5 membros titulares e seus suplentes, sendo 3 pastores e 2 presbíteros, eleitos pelo SC, observando a representação de cada Sínodo da Região, não podendo ter mais de um representante por Sínodo como titular.

Atualmente, a JURET-JMC é formada pelos seguintes membros: